L'Archivio Storico del Comune di Pozzuoli era allocato nella seconda metà del XIX secolo, presso i locali al piano terra dell'ex Pretura di Pozzuoli, in via del Ponte al Rione Terra.
Tali locali erano stati adibiti precedentemente a carceri mandamentali.
Nel 1941 i documenti archivistici erano collocati nei sotterranei dell'edificio scolastico Aurelio Padovani (poi Edmondo De Amicis) abbattuto in seguito agli eventi bradisismici del 1983.
Nel 1945, furono depositati nei locali dell'edificio scolastico Aurelio Padovani e successivamente trasferiti presso l'edificio comunale di via Marconi, struttura abbattuta in seguito agli eventi bradisismici del 1983.
Il 30 agosto 1983 fu disposto dall'Amministrazione, il trasferimento di tutti gli atti giacenti nei locali seminterrati di Palazzo Marconi, presso i locali di Palazzo Toledo dove era ubicata la sede della Biblioteca civica.
Comunque dopo pochi giorni si verificarono alcune scosse telluriche di elevata intensità in relazione ai fenomeni bradisismici. In seguito a tali fenomeni Palazzo Toledo fu dichiarato inagibile e quindi sia il patrimonio bibliotecario che quello archivistico fu trasportato e accatastato, in alcuni locali dell'edificio scolastico IPSIAAM nel Rione Toiano.
Il patrimonio archivistico insieme a quello bibliotecario nel settembre del 2010 è stato trasferito nei locali del restaurato Palazzo cinquecentesco di Don Pedro Alvarez De Toledo e poi collocato in armadi all'uopo predisposti.
L'Archivio Storico consiste di 80 registri (leva, protocollo, cittadinanza ecc.), 106 corrispondenze (atti misti del XIX secolo) e circa 450.000 documenti sciolti.